İlk kez Kaptan-ı Derya Cezayirli Hasan Paşa'nın girişimi sonucu, bugünkü Deniz Harp Okulu ve Deniz Lisesi'nin çekirdeğini oluşturan okul, Kasımpaşa Tersanesi'nde "Mühendishane-i Bahr-ı Hümayun" adıyla 1773 yılında kurulmuştur. Lise, 1782-1783 yılları arasında donanmanın yeni gereksinmeleri göz önünde tutularak Camialtı'nda Cezayirli Gazi Hasan Paşa tarafından yeni bir mühendishane binası yaptırılmış, bu okul ise 1795 yılında Halıcıoğlu'ndaki Kara Mühendishanesi; Mühendishane-i Amire ile birleştirilmiştir. Fakat 1834 yılında giderek artan öğrenci mevcudunun bir bölümünü oluşturan Gemi Seyir kısmı Heybeliada'da bulunan ve II. Mahmud'un yaptırdığı Kalyoncu Kışlası'na taşınmıştır. Daha sonra, halen Kasımpaşa Deniz Hastanesi’nin bulunduğu yerdeki Cezayirli Gazi Hasan Paşa Konağı satın alınmış, burada 1838 yılında tamamlanan 400 öğrenci kapasiteli yeni bir Deniz Mühendishanesi yapılarak tüm okulun yeniden bir arada eğitim ve öğretime başlaması sağlanmıştır.
1839 yılında çıkan Tanzimat Fermanı'ndan sonra okulun eğitim ve öğretiminde çeşitli yenilikler yapılmış, adı "Mekteb-i Bahriye-i Şahane" olarak değiştirilen okul 1851-1852 eğitim yılında ikinci kez ve yine Heybeliada'da Kalyoncu Kışlası'na taşınmış, 1853 yılında 4 sınıflı "İdadi" (lise) kısımları açılmıştır. 1928 yılında ise Bahriye Mektebi'nin adı Deniz Harp Okulu ve Deniz Lisesi Komutanlığı olarak değiştirilmiştir. II. Dünya Savaşı sırasında ve 1941-1946 yılları arasında Deniz Harp Okulu ve Deniz Lisesi eğitimi Mersin'de sürdürülmüş, 1946-1947 eğitim ve öğretim yılında tekrar Heybeliada'ya taşınmıştır.
Lise, 1963 yılında Deniz Harp Okulu'ndan ayrılmış, 1963-1964 eğitim yılında Deniz Eğitim ve Öğretim Komutanlığı'na ait binanın bir bölümünde öğretime başlamıştır. Bu bina 1971 yılında Deniz Lisesi Komutanlığı'na bırakılmıştır. Deniz Harp Okulu'nun 1985 yılında Tuzla'daki tesislere yerleşmesinden sonra Deniz Lisesi Komutanlığı, Deniz Harp Okulu ve Deniz Eğitim Komutanlığı'na ait binalarda konuşlanmıştır. Deniz Lisesi Komutanlığı aşağı komplekste yeni eğitim öğretim binalarının inşasının tamamlanmasını müteakip 9 Şubat 2004 tarihinden itibaren hazırlık sınıfı yukarı komplekste lise sınıfları aşağı komplekste olacak şekilde öğretim faaliyetlerine bir süre devam etmiştir. Ancak yukarı okul kompleksinin deniz astsubayların İngilizce eğitim alacakları bir yer olması nedeniyle uzun bir süreden sonra ilk defa tüm sınıflar aşağı okulda okumaya başlamışlardır. Okul ada ekonimisi içinde önemli bir konuma sahip olmuştur.[2] 2016 yılından yaşanan darbe girişiminden sonra ilan edilen OHAL kapsamındaki "Kanun Hükmündeki Kararname" gereğince 31 Temmuz 2016 tarihinde diğer askeri liselerle birlikte kapatıldı.
2017 yılı itibarıyla, Deniz Harp Okulu'nun Hazırlık Bölümü olarak hizmet vermektedir.
