Işıklar Askerî Lisesi 1844 yılında, Sultan Abdülmecid devrinde askerî idadilerin açılmalarına karar verilmesi üzerine Mekteb-i Fünun-u İdadi adı altında kuruldu. Bir kumaş fabrikasının kamulaştırılarak okul haline getirilmesiyle 15 Şubat 1845 tarihinde açıldı. İlk okul komutanı Yüzbaşı Ali Efendi idi. 5 sınıflı olarak açılan okulun ilk yılında yalnız 5. sınıfa 32 öğrenci alındı, diğer sınıflar sonraki yıllarda açıldı. Öğrencilerin bir kısmı yatılı; diğerleri gündüzlü idi. Okul, ilk mezunlarını 1853 yılında verdi.
1855 yılındaki Büyük Bursa depreminde hasar gören okul; bu dönemde civardaki birkaç evin de kamulaştırılması ile genişletildi. Bugünkü okul binalarının yapımı 21 Mayıs 1890 tarihinde 14.000 metrekarelik bir alan üzerinde başladı. 29 Mayıs 1892 tarihinde Bursa Valisi Münir Paşa tarafından büyük bir törenle hizmete açıldı. I. Dünya Savaşı'ndan sonra Bursa'nın Yunan işgaline uğraması ile öğrenime ara veren okul; Türk Kurtuluş Savaşı'nın kazanılmasından sonra 28 Kasım 1922 tarihinde Askerî İdadi adıyla açıldı.
1926 yılında Bursa 2. Lisesi adı altında sivilleştirilip Millî Eğitim Bakanlığı idaresine bırakıldıysa da aynı sene yeniden Millî Savunma Bakanlığı'nın yönetimine girdi ve Bursa Askerî Lisesi adını aldı. 1928 yılından itibaren okulun ilk beş sınıfı ve sonraki senelerde de her sene birer sınıf olmak üzere ilk ve orta kısımları kaldırıldı; yalnız lise kısmı kaldı.
Bursa Işıklar Askerî Lisesi, 31 Temmuz 1961 yılında tekrar lağvedildi; bina ve tesisler önce 1. Ordu istihbarat birliğine, bir yıl sonra da Personel Okuluna teslim edildi. Eylül 1973 tarihinde Genelkurmay Başkanlığı ülkede yeniden ikinci bir askerî lisenin açılmasına karar verilmesi üzerine; tarihi Bursa Askerî Lisesi, açılışından 129 yıl sonra ikinci kez, Işıklar Askerî Lisesi adı ile 28 Haziran 1974 tarihinde hizmete girdi. Okul ertesi yıl, "yabancı dile ağırlık veren" sistemle öğretime başladı; ve 4 sınıflı oldu.
Işıklar Askerî Lisesi, Hava Kuvvetleri Komutanlığı ile Kara Kuvvetleri Komutanlığı arasında 2008'de yapılan protokol ile Hava Kuvvetleri Komutanlığına devredildi ve Işıklar Askerî Hava Lisesi Komutanlığı adını aldı.
31 Temmuz 2016 tarihinde diğer askeri liselerle birlikte kapatıldı.
